重庆市高校功能基因与调控技术重点实验室建于2004年，主要依托重庆大学基因工程研究中心为基地，该中心是教育部“211”和“985”工程建设项目和“双一流”建设的重点实验室。近年来在“功能基因及调控技术重庆市重点实验室”的支撑下，促进了本校生物学一级学科的跨越式发展。本实验室主要重要功能基因的分离鉴定为核心，以分子生物学技术为主要的基因表达调控手段，建立多领域融合的具有鲜明特色的跨学科研究体系，凝练农业病虫害生物控制新技术、植物激素与发育调控，昆虫免疫与进化、医学重大疾病分子机制与干预4个研究方向。
实验室建立了农学、医学、理学、工学、环境学多领域融合跨学科研究体系，特别是在农业重大虫害绿色防控基础研究和药物创新、植物激素调控机制及农产品贮运技术等方面，已形成较强的学科特色。
该学科下设四个主要学科方向：
（1）农业病虫害生物控制新技术：以真菌生物农药为主，研究真菌生物农药致病、抗逆和产孢机制及调控机制，开展重大农业病虫害生物控制新技术和药物创新研究，在绿僵菌和宿主互作及功能基因研究等方面在国内外具有重要影响。完成我国第一个国家登记的杀虫真菌制剂“杀蝗绿僵菌油悬浮剂”和广谱杀虫绿僵菌菌株CQMa421制剂，建立了杀虫真菌农药规模化生产线。
（2）植物激素与发育调控：重点围绕植物激素信号转导、果实成熟衰老机理、激素介导的植物-微生物互作关系等开展研究。系统分析了植物激素信号调控机制及其与其他多个信号通路互作关系，植物激素与衰老调控的研究结果对利用基因工程技术提高果实耐贮性、抗病性有重要的参考价值和广阔的应用前景。
（3）昆虫免疫与进化:围绕家蚕驯化基因组学和功能基因组学开展研究，对家蚕与野桑蚕性状差异的分子遗传机制进行解析，鉴定出家蚕和野桑蚕中受到选择的优良基因，研究其在家蚕驯化过程种的功能。目前，对家蚕茧丝产量和发育整齐行等重要驯化性状进行系统了研究。
（4）医学重大疾病分子机制与干预：围绕恶性肿瘤和代谢综合症，研究其基因调控网络。设计出具有生物活性的抗肿瘤药物递送系统并研究其疗效，有效克服了肿瘤治疗中产生的毒副作用和药物耐药性，并实现了重大疾病的多模态医学影像学检测与诊断分析。在国际一流期刊上发表该领域论文20余篇，其中ESI前3%高影响力论文3篇。
